I Vattaja finns Europas längsta enhetliga sanddynsområde inom den norra barrskogszonen. Sandstranden är längre än 15 kilometer och innehåller många ytterst representativa strandnaturtyper och en fauna som anpassat sig till dessa. Natur- och landskapsvärdena i Vattaja-området är både kända och erkända.
Genom projektet Vattaja Dune Life har Forststyrelsen, försvarsmakten och Västra Finlands miljöcentral tillsammans länkat samman naturskyddets, försvarets och fritidsbrukets behov – till förmån för den unika naturen i Vattaja. Under projektet har verksamhet som utsätter vegetationen och jordmånen för slitage styrts bort från de känsligaste områdena. Samtidigt har redan uppkomna skador på naturen åtgärdats, och naturtyper som försvagats av mänsklig verksamhet har restaurerats. Militärövningarnas skadeverkningar har minskats genom att man flyttat bort en del funktioner från känsliga naturtyper och fastställt regler för sådana funktioner som inte kunnat flyttas. Därtill styrs fritidsbruket nuförtiden med hjälp av störningsminskande skyltar, informationstavlor och rastplatser.
